La section 6 de la Lewis & Clark Bicycle Trail se divise en deux segments, en fonction des déplacements du Corps of Discovery dans les deux sens.
Le segment de Missoula, dans le Montana, à Clarkston, dans l'État de Washington, prolonge les voyages de Lewis et Clark vers l'ouest en 1804. L'option Blackfeet, de Missoula à Great Falls, dans le Montana, suit le trajet emprunté par le capitaine Lewis vers l'est en 1806.
L'itinéraire principal longe les rivières Lochsa et Clearwater. Il est assez plat après le passage du col Lolo. Le Lolo Trail, long de 145,3 miles, suit de près le trajet approximatif du Corps of Discovery à travers les montagnes Bitterroot. Ce parcours accidenté et montagneux emprunte surtout des routes étroites, à une seule voie, en gravier ou en terre. L'eau y est rare.
À partir de Kamiah, deux options permettent de rejoindre Clarkston. L'option longeant la rivière, de 68 miles, est plus fidèle au parcours historique, mais la circulation sur l'US 12 suscite des inquiétudes en raison du trafic et de l'absence d'accotements le long des barrières en béton.